Лучшее враг хорошего.

Повторюсь, я сторонник Православного учения, и "вижу" в Христе то, что в нем "видели" все наши святые от апостолов до последних. А не пытаюсь сам что-то рассматривать. Я уже на собственном опыте много раз убеждался, что когда я сам пытался что-то осмыслить и создать свое "видение мира или вопроса"  то каждый раз впоследствии оказывалось, что  в моих рассуждениях были ошибки, хоть самую малость но мои рассуждения уходили в сторону от Истины. Это происходило постоянно при изучении трудов святых отцов.
Поэтому я давно забросил неблагодарное занятие фантазиями.
Люди уже прошли "узкими вратами". Раз Бог явно одобрял их жизнь, то наиболее разумно, с моей точки зрения, просто послушать и пойти по их следам. И даже в этом случае жить по заповедям очень непросто.

Да, если говоришь, что любишь Христа, а заповеди не соблюдаешь. Дела веры это соблюдение заповедей, остальное мирское.

Даже не знаю что тебе ответить...  Попробую так.. в твоих рассуждениях часто появляются ошибки именно потому, что ты стремишься к ОБОБЩЕНИЯМ. Обобщения всегда не учитывают частные детали, и в этих деталях  заранее допускают погрешности.  Заметь какое верное словосочетание: ПОГРЕШНОСТЬ - от ГРЕХ - НЕПРАВИЛЬНОСТЬ.
Изучая Православие,  я постепенно перестал употреблять обобщения.  "Картина" из-за деталей получается очень сложная, и трудная для понимания, но более близкая к Истине. К тому же служит для тренировки ума и памяти.  Это как решение примера со многими неизвестными и аргументами, которые необходимо держать в памяти, что бы вовремя подставлять в нужные места.   О том, что все видимое произошло из невидимого, мне вспоминать не надо, я это знаю и помню всегда. На мой взгляд гораздо важнее что, ты имеешь в виду под " фундаментальным уровнем"? Для меня, как для Православного верующего Фундамент/Основа - это Бог.  После уже появляется первичный - духовный мир и вторичный материальный.
Соглашусь почти совсем... и с тем, что материя есть загадка прежде всего. Евангелие об этом говорит не один раз. Точнее о том, что материя обладает неизвестными человеку свойствами. Просто многие не обращают внимания на то, какие события и действия описываются в текстах и тем более на взаимосвязи между этими событиями. 
Пример самый простой. После воскресения Христа, Христос снова был в материальном теле, и свидетельство этому действия апостола Фомы, который по своему неверию тыкал пальцами в раны оставшиеся после распятия.  Значит Тело было реальным. Однако будучи в этом реальном теле, Христос проходил сквозь препятствия, проникая в закрытые помещения. Кроме того в Евангелии не раз описывается, как Христа хотели схватить, но Он проходил сквозь толпу и " никто не смог наложить на Него рук".  Ясно сказано, что схватить не могли. И не надо фантазировать, что он был скользким и изворачивался.  Во-первых ни разу не говорится  что Он намазывал тело жиром или был голым.  А уж за одежду толпа всегда ухватит.  Но этого не происходило. И объяснение у всего этого одно - "материя" обладает неизвестными свойствами. 
Получается что мы с вами просто недопонимая друг друга, говорили об одном.
А вот о том, что есть живая и неживая материя следует различать.  Вот вы говорите,  что  частицы одни и те же, но соединение разное. Наверное можно и так сказать: СОЕДИНЕНИЕ.  Но именно это СОЕДИНЕНИЕ  и есть Дух Святой или Его действие. Впрочем это значения не имеет, поскольку Дух Святой, выражаясь современным языком, есть ВСЕОБЪЕМЛЮЩАЯ ЭНЕРГИЯ.  Вот такая совсем НЕ МАЛЕНЬКАЯ ДЕТАЛЬКА, о которой многие просто забывают. Именно наличие этой "Детальки" и делит материю на живую и неживую.